مهدی باکری در ۳۰ فروردین ۱۳۳۳ در روستای رحمت آباد میاندوآب و در خانواده‌ای مذهبی زاده شد. در کودکی مادرش را از دست داد. برادر بزرگتر او، علی باکری از اعضای سازمان مجاهدین خلق بود. وی پس از اخذ مدرک دیپلم ریاضی متوسطه، وارد دانشگاه تبریز شد و در رشته مهندسی مکانیک شروع به تحصیل کرد. در دوران دانشجویی، فعالیت سیاسی را آغاز کرد و در این دوره با افرادی چون سید یحیی رحیم‌صفوی و حسین علائی آشنا شد، که این تشکل‌های دانشجویی نقش مهمی در برپایی تظاهرات شهر تبریز در ۱۵ خرداد ۱۳۵۴ و ۱۳۵۵ داشتند. همان زمان وی توسط ساواک شناسایی شد و بارها برای بازجویی فراخوانده و تحت نظر آزاد شد. در حین تحصیل خبر مرگ برادرش، علی باکری را به وی دادند، که توسط رژیم پهلوی اعدام شده بود.
با وقوع انقلاب مهدی باکری نقش فعالی در سازماندهی بخشی از نیروهای سپاه پاسداران انقلاب اسلامی داشت. وی برای مدتی نیز شهردار ارومیه بود و دوره کوتاهی نیز دادستان دادگاه انقلاب ارومیه بود. او هم‌زمان با فعالیت در سپاه، مسئولیت شهرداری ارومیه را نیز بر‌عهده داشت. باکری اندکی پس از آغاز جنگ ایران و عراق ازدواج کرد و یک روز پس از ازدواج نیز عازم جبهه‌های جنوب شد.
جنگ ایران و عراق
مهدی باکری در مدت کوتاهی مدارج ترقی را در سپاه پاسداران طی کرد. در عملیات فتح المبین با عنوان معاون تیپ نجف اشرف حضور داشت، که در همان عملیات از ناحیه چشم مجروح شد. پس از بهبود به جبهه بازگشت و در عملیات‌هایی چون عملیات بیت‌المقدس، رمضان، مسلم بن عقیل، والفجر مقدماتی، والفجر ۱ تا ۴ و عملیات خیبر در سمت‌های مختلف فرماندهی شرکت کرد. در مجموعه عملیات‌های والفجر با عنوان فرمانده لشکر عاشورا فعالیت می‌کرد.
مفقودالاثر شدن
در حین انجام عملیات بدر و در‌حالی‌که نیروهای عراقی با محاصره کامل لشکر سربازان تحت امر مهدی باکری در جزیره مجنون در حال زدن تیر خلاص به سربازان مجروح باقی‌مانده بودند، احمد کاظمی و محمود دولتی با بی‌سیم از وی می‌خواهند که با عبور از دجله و پیمودن فاصله ۷۰۰ متر و رسیدن به فضای میان خط اول و خط دوم حمله، جان خود را نجات دهد، ولی این درخواست‌ها با پاسخ منفی باکری همراه بود، تا آن‌که بر اثر اصابت تیر مستقیم نیروهای عراقی کشته شد.
سپس گروهی برای بازگرداندن پیکر باکری اقدام کردند، اما هنگام انتقال پیکر وی، قایق آنها هدف اصابت شلیک مستقیم آر پی جی نیروهای عراقی قرار گرفت و در اروندرود غرق شد. پیکر وی و سایر سربازانش هیچ‌گاه یافت نشد.
ویژگی‌های اخلاقی
شهید باکری، پاسدار نمونه، فرماندهی فداکار و ایثارگر، خدمت‌گزاری صادق، صمیمی، مخلص و عاشق امام خمینی (رحمةالله‌علیه) و انقلاب اسلامی بود. با تمام وجود خود را پیرو خط امام می‌دانست و سعی می‌کرد زندگی‌اش را بر اساس رهنمودها و فرمایشات آن بزرگوار تنظیم نماید، با دقت به سخنان حضرت امام (رحمةالله‌علیه) گوش می‌داد، آنها را می‌نوشت و در معرض دید خود قرار می‌داد و آن‌قدر به این امر حساسیت داشت که به خانواده‌اش سفارش کرده بود که سخنرانی آن حضرت را ضبط کنند و اگر موفق نشدند، متن صحبت را از طریق روزنامه به دست آورند.
او معتقد بود سخنان امام الهام گرفته از آیات الهی است، باید جلو چشمان ما زندگی می‌کرد. از امکاناتی که حق طبیعی‌اش نیز بود چشم می‌پوشید. تواضع و فروتنی‌اش باعث می‌شد که اغلب او را نشناسند. او محبوب دل‌ها بود. همه دوستش می‌داشتند و از دل و جان گوش به فرمان او بودند. او نیز بسیجیان را دوست داشت و به آنها عشق می‌ورزید. می‌گفت: وقتی با بسیجی‌ها راه می‌روم، حال و هوای دیگری پیدا می‌کنم، هرگاه خسته می‌شوم پیش بسیجی‌ها می‌روم تا از آنها روحیه بگیرم و خستگی‌ام برطرف شود. همه ما در برابر جان این بسیجی‌ها مسئولیم، برای حفظ جان آنها اگر متحمل یک میلیون تومان هزینه – برای ساختن یک سنگر که حافظ جان آنها باشد – بشویم، یک موی بسیجی، صد برابرش ارزش دارد. با دشمنان اسلام و انقلاب چون دژی پولادین و تسخیرناپذیر بود و با دوستان خدا، سیمایی جذاب و مهربان داشت.
با وجود اندوه دایمی‌اش، همیشه خندان می‌نمود و بشاش. انسانی بود همیشه آماده به خدمت و پرتوان.
فیلم سینمایی موقعیت مهدی
فیلم موقعیت مهدی در سال ۱۴۰۰ به کارگردانی هادی حجازی‌فر ساخته شد. در این فیلم به بخش‌هایی از زندگی و کشته شدن مهدی باکری و برادرش حمید پرداخته می‌شود. هادی حجازی‌فر و برادرش وحید حجازی‌فر به ترتیب نقش مهدی و حمید باکری را در این فیلم بازی کرده‌اند. این فیلم توانست ۵ سیمرغ بلورین چهلمین دوره جشنواره فیلم فجر از جمله بهترین فیلم جشنواره را کسب کند